復雜性先天性心臟病的治療主要就是手術，且手術方案有多種。一、姑息手術，主要是進行修復，可能需要經過兩次或更多次手術才能完成；二、根治手術；三、心臟移植，但這種情況較為少見，且面臨心臟來源困難的問題。復雜性先天性心臟病通常是指畸形較為復雜，比如法洛氏四聯癥、先天性左心室發育不良、完全性大動脈轉位等，這些情況都需盡早手術，否則患兒難以生存。臨床上復雜性先天性心臟病比較多見，關鍵在于要盡早進行手術，因為當前手術已較為成熟且技術不斷進步，一般通過手術能保全生命，也有利于后續恢復，甚至手術成功后不會對患者生活質量產生影響。

復雜性先天性心臟病以手術治療為主，包括姑息手術、根治手術和心臟移植，其中常見的復雜畸形需盡早手術，手術成熟且進步有利于患者保全生命和恢復，對生活質量影響小。