甲狀腺結節穿刺后疼，原因主要包括以下方面：

一、局部組織損傷：甲狀腺結節穿刺需將穿刺針刺入皮膚并穿刺甲狀腺內結節，此過程可能造成患者皮膚及皮下組織損傷出血，進而導致局部組織腫脹以及穿刺局部疼痛，不過這種情況通常可較快恢復。

二、局部切口感染：穿刺后有穿刺傷口時，外界細菌可能進入皮膚組織，引發傷口感染，患者會出現紅腫、疼痛、流血、流膿等狀況。

針對甲狀腺結節穿刺后的情況，建議如下：甲狀腺結節穿刺后，局部不要進行按摩、熱敷，以免引發不良后果，正確的做法是保持傷口的清潔、干燥，并定期換藥，防止局部傷口感染的發生。如果穿刺后疼痛長時間不緩解，或伴有其他不適癥狀，應及時去往醫院就診。總之，對于甲狀腺結節穿刺后的護理要重視，出現異常要及時處理。