男性肛門內尖銳濕疣可通過手術切除、激光治療等方式治療，部位特殊要做好防護以免疾病反復。

一、手術切除

1.肛門內尖銳濕疣，即齒狀線以上出現尖銳濕疣時，可選擇直接手術切除，能一次性將其中尖銳濕疣清除干凈，實現去除疣體的目的。

二、激光治療

1.若尖銳濕疣較靠近齒狀線，可用擴肛鏡擴開肛門，直接用激光使尖銳濕疣氣化來去除疣體，其創傷相對較小，住院時間較短，利于快速恢復。

臨床有一些可治療尖銳濕疣的外用藥物，如鬼臼毒素軟膏、咪喹莫特乳膏等一般不建議用于肛門內部黏膜，所以不適用于此情況。但在皮膚組織基本愈合后，可使用重組人干擾素α2b凝膠、抗HPV生物蛋白敷料等涂抹，以預防再次感染。