新生兒肺動脈高壓的危害主要包括缺氧引起心力衰竭以及體循環長期缺氧引起多器官功能衰竭。

一、缺氧引起心力衰竭

新生兒肺動脈高壓是一種極為嚴重的疾病。由于肺動脈壓力增高，使得新生兒從胎兒循環轉變為成人循環的過程出現障礙，導致心臟在心房水平或動脈導管水平出現右向左分流的情況，進而致使全身出現極為嚴重的低氧血癥，甚至可能引發心力衰竭，對生命造成嚴重威脅。

二、體循環長期缺氧引起多器官功能衰竭

肺動脈阻力升高會加大心臟負荷，而因新生兒肺動脈高壓所產生的分流，會造成機體長期處于缺氧狀態，體循環血量不足，從而引起體循環長期缺氧，這也可能導致多器官功能出現障礙。

總之，新生兒肺動脈高壓的危害極大，屬于急癥和重癥，必須要積極進行治療。