腦干腦炎是一種嚴重的疾病，一般可以治療，常見治療方法為針對病因治療、支持性治療、康復治療。

1.針對病因治療

如果能確定腦干腦炎的病因，如感染、自身免疫性疾病等，治療方法將針對病因進行。例如，抗病毒藥物、免疫抑制劑等可能會被使用，常用藥物為阿昔洛韋、甲潑尼松等，但需遵醫囑規范用藥。

2.支持性治療

在沒有查明病因或病因無法去除的情況下，主要采取支持性治療措施。這包括維持生命體征、提供營養支持、控制抽搐和癲癇發作、預防并發癥等。

3.康復治療

在病情穩定后，康復治療可以幫助患者恢復功能。這可能包括物理治療、語言治療、職業治療等。