懷孕三個月查出甲減（甲狀腺功能減退癥）可以通過藥物治療、定期監測甲狀腺功能、飲食調整等方法處理。

1.藥物治療

常用的藥物包括左旋甲狀腺素鈉片，這些藥物可以有效補充體內缺乏的甲狀腺激素。

2.定期監測甲狀腺功能

孕婦在治療期間需要定期監測甲狀腺功能，通常建議每3周左右復查一次甲狀腺激素的水平。主要監測TSH和FT4等指標，以評估甲狀腺功能的變化和治療效果。

3.飲食調整

在治療期間需要確保碘的攝入量適中，碘是合成甲狀腺激素的重要元素，但過量或不足都可能影響甲狀腺功能。所以，孕婦應避免攝入過多的碘鹽，但可以適量攝入富含碘的食物，如紫菜、海帶等。