肛瘺的初期癥狀有分泌物流出、肛門瘙癢、排便困難等。

1、分泌物流出

由于肛瘺形成，造成炎性滲出物通過瘺管滲出，會引起肛門流出分泌物現象，多為膿性、血性的分泌物。

2、肛門瘙癢

由于滲出的分泌物刺激肛周皮膚，患者可伴隨肛門瘙癢，甚至可能引起肛周濕疹。

3、排便困難

肛瘺形成后可能會影響肛門括約肌的舒張閉合，患者在排便時常感覺排便困難，無法排盡。如果瘺管還存在感染現象時，患者會因為排便疼痛，從而有意減少排便。