惡性骨腫瘤一般好發于長骨的骨干部位，如股骨、脛骨和肱骨等，這些部位通常是原發性骨腫瘤或轉移性骨腫瘤的高發區。除此之外，骨盆也是惡性骨腫瘤的常見發生部位之一，其中髂骨、恥骨和坐骨等骨盆骨骼容易受到腫瘤的侵襲。脊柱的椎體部分也是惡性骨腫瘤可能發生的部位，這可能是原發性的，也可能是其他部位惡性腫瘤的轉移。

另外，根據腫瘤的性質不同，好發的部位也會有所不同。例如，青少年常見的惡性骨腫瘤——骨肉瘤，好發部位是膝關節周圍，如股骨遠端、股骨下方、脛骨近端等，這些部位是骨頭生長比較活躍的地方。尤文氏肉瘤則好發于骶尾部、骶骨等部位。