造成男人染色體異常的原因有化學因素、遺傳因素、物理因素等，具體分析如下：

1、化學因素

由于男人長時間應用注射用鹽酸阿糖胞苷、注射用異環磷酰胺、甲氨蝶呤注射液等抗腫瘤藥物，易對染色體造成影響，引起染色體異常。

2、遺傳因素

由于男人本身有染色體異常家族遺傳史，則患病概率相對高于正常人。

3、物理因素

由于男人長時間接觸電離輻射、烷化劑、環氧化物等物質，會對人體造成損害，出現染色體異常。