打完乙腦疫苗后發燒39℃可能是正常的疫苗反應，但也可能是其他疾病引起的，需要及時就醫，以查明病因，并采取相應的治療措施。

乙腦疫苗是一種用于預防乙型腦炎的疫苗。接種乙腦疫苗后，可能會出現一些不良反應，如發熱、頭痛、乏力等。這些不良反應通常是輕微的，在1-2天內會自行緩解。如果接種乙腦疫苗后出現發燒39℃的情況，患者可以先觀察自己的身體狀況，如果沒有其他不適癥狀，可以多喝水，多休息，以緩解發熱癥狀。

如果患者的癥狀持續加重，或伴有其他不適癥狀，如頭痛、惡心、嘔吐等，應及時就醫，以查明病因，并采取相應的治療措施。