小腸膠囊鏡和小腸鏡都是檢查小腸疾病的常用方法，各有其優缺點，因此不能直接地判斷出哪個更好。

小腸膠囊鏡的優點在于其無創、操作簡單、無痛，適用于小腸疾病的初步篩查。患者只需吞服一顆帶有攝像頭的膠囊，膠囊在通過小腸的過程中會拍攝照片，從而觀察小腸黏膜的情況。然而，膠囊內鏡的診斷特異性相對較低，無法進行反復觀察，且在腸梗阻等情況下不適用。

相比之下，小腸鏡在診斷方面可能更準確。小腸鏡可以直接觀察到小腸的黏膜情況，如果發現病變，還可以反復觀察并取活組織進行病理檢查。此外，小腸鏡除了診斷外，還可進行一些治療操作，如止血、息肉切除等。但小腸鏡檢查過程中患者可能會感到不適，且對操作技術要求較高。

因此，在選擇檢查方法時，醫生會根據患者的具體情況，如病情、耐受程度、檢查目的等，來評估哪種檢查方法更適合。患者應與醫生充分溝通，了解各種檢查方法的優缺點，以便做出明智的選擇。