先天性鎖骨假關節主要是由于骨化異常、遺傳因素、鎖骨下動脈搏動侵襲等原因引起的。

1.骨化異常

患者的鎖骨存在兩個骨化中心，胚胎發育過程中出現兩個骨化中心未完全融合的情況時，可導致其出現先天性鎖骨假性關節的情況。

2.遺傳因素

先天性鎖骨假性關節可能與常染色體顯性遺傳病有關，患者的親屬發生該疾病時，其發生先天性鎖骨假關節的可能性較大。

3.鎖骨下動脈搏動侵襲

患者的鎖骨在發育過程中受到鎖骨下動脈搏動的侵襲時，搏動產生的壓力可對骨化中心的結合造成影響，引發先天性鎖骨假關節形成。