一、西醫治療，分為藥物治療、皮質類固醇激素治療、免疫抑制劑治療。

藥物治療包括：新斯的明、美斯的明等，值得說明的是，此類藥物需要長期甚至終身服用，每復發一次都需要加大藥量，且僅僅是對癥治療，一旦停藥，癥狀就會復發，而且加重，應防止此類藥物對骨頭、腎臟、肝臟的損害。

皮質類固醇激素主要適用于單純眼型重癥肌無力，膽堿脂酶抑制劑療效不佳，而準備進行胸腺摘除的全身型重癥肌無力患者，病情惡化又不適于或拒絕做胸腺摘除的重癥肌無力患者，但用多大的劑量仍存有爭議。

免疫抑制劑一般應用于膽堿酯酶抑制劑和類固醇皮質激素療效不佳的病人，副作用有惡心、嘔吐、厭食、口腔潰瘍、脫發、白細胞及血小板減少、出血及肝功能損害等。

二、手術治療，手術療法是胸腺或胸腺瘤的切除，此療法只適用于胸腺增生或者有胸腺瘤的患者，但手術會導致病人的免疫力進一步降低。

三、干細胞的移植，這種療法運用范圍比較狹窄，一般只用于嚴重的重癥肌無力患者，而且費用昂貴，有效率非常低，且治療效果維持時間比較短，一般能維持幾年左右。

衛生部已經發文禁止干細胞移植，應用于臨床。

中醫治療重癥肌無力，辨證治療是中醫的一大特色，根據中醫理論，本病主要是與脾腎肝關系密切，先天不足，后天失養，均可發此病。

一般來說，越早治療效果越好。