偏頭痛伴有眼睛流淚可能是遺傳因素、神經細胞興奮性紊亂、內分泌紊亂等原因引起的，具體如下：

遺傳因素：偏頭痛可以常染色體顯性遺傳，一部分偏頭痛患者攜帶有突變的基因，可以將突變的基因遺傳給下一代，導致下一代發病，發作時伴有眼睛流淚的癥狀。

神經細胞興奮性紊亂：體內有突變的基因導致神經細胞興奮性紊亂，引起神經電活動抑制帶擴展，影響腦血流量，腦血管因為缺血而痙攣導致偏頭痛發作，有眼睛流淚的癥狀。

內分泌紊亂：雌激素分泌減少導致內分泌紊亂，雌激素水平下降會產生致痛性物質，造成偏頭痛發作，患者因為疼痛難忍而眼睛流淚。