小兒蛛網膜囊腫絕大多數是先天發育異常，只有少部分是因為外傷或者感染等其他因素引起。

蛛網膜囊腫，是一種非常常見的異常，本身為良性病灶，一般不會增長，比較穩定。發生的原因是蛛網膜形成局部包裹，其內蓄積腦脊液。小兒出現蛛網膜囊腫，絕大部分是因為先天發育的原因，在神經系統發育的過程中，出現蛛網膜分裂或者分布的異常，導致局部腦脊液被包裹，或者是早期胚胎脈絡叢分化變異殘留導致局部腦脊液蓄積。這類蛛網膜囊腫由于在腦組織發育節段即可出現，因此腦組織生長時會退讓出相應的位置，一般來講兩者均會相安無事。不論是蛛網膜本身還是其內包裹的腦脊液均是對人體無害的成分，所以絕大多數的囊腫并不會影響功能，也不會出現癥狀。

還有一部分囊腫的成因是繼發性的，常見的原因有外傷、感染、出血等因素導致蛛網膜破損、粘連等形成囊腫。這類除了積極處理原發病外，還需要判斷蛛網膜囊腫是否存在占位和擠壓，以明確是否需要手術干預。