寶寶晚上睡覺的時候總咳嗽的原因通常包括胃食管反流、鼻炎、肺炎等，具體分析如下：

1.胃食管反流

由于寶寶的括約肌發育不成熟，若晚上睡覺平躺或枕頭太低，容易導致胃食管內的容物反流，對喉部造成刺激，從而出現咳嗽的情況。

2.鼻炎

若寶寶患有鼻炎，炎癥會導致鼻腔黏膜的分泌物增加，分泌物可流到喉部，出現鼻后滴流，導致寶寶晚上睡覺咳嗽。

3.肺炎

若寶寶患有肺炎，炎癥會對呼吸道造成刺激，引起上呼吸道痙攣，出現寶寶晚上睡覺的時候總咳嗽的情況。