一側扁桃體長期疼痛可能是由扁桃體炎、扁桃體結石或者扁桃體腫瘤等原因引起的，詳情如下：

1、扁桃體炎

扁桃體炎是由細菌或病毒感染引起的扁桃體發炎，癥狀包括喉嚨疼痛、吞咽困難、發熱等。

2、扁桃體結石

扁桃體結石是在扁桃體的凹陷處形成的小顆粒，可能會引起喉嚨疼痛、口臭等癥狀。

3、扁桃體腫瘤

扁桃體腫瘤較為罕見，但也可能導致一側扁桃體長期疼痛，可能伴有吞咽困難、頸部腫塊等癥狀。

除以上相對常見的原因之外，還有其他可能的原因，比如過敏反應、酸性反流、牙齒問題等。如果長期疼痛不緩解，建議及時就醫進行進一步的檢查和診斷。