皰疹性咽峽炎的診斷主要依靠病史、體征、病原學的證據。治療以對癥支持治療為主，酌情給予退熱藥、局部鎮痛藥。

在疾病流行期間，根據典型癥狀和特征性咽峽部損害（發熱、咽痛、咽峽部黏膜小皰疹和淺表潰瘍）即作出診斷。最好通過從病變處分離到病毒或通過特征性抗體滴度升高加以證實。

皰疹性咽峽炎傳染性較強，應注意隔離治療，患兒用過的餐具、玩具等進行消毒處理，防止交叉感染。患病期間注意休息，多飲溫開水，多吃新鮮蔬菜及營養豐富易消化的食物，以增強身體抵抗力。忌食刺激性食物，不吃過熱、過冷的食品。

目前對腸道病毒感染尚無特效療法，主要是對癥治療。

1.注意口腔衛生，保持口腔清潔。

2.可用淡鹽水漱口，用10%硝酸銀涂于潰瘍處或用咽喉靈丹，冰硼散等吹播咽部以減輕咽痛癥狀。

3.口服維生素C及B等。

4.對于輕、中度發熱，以物理降溫為主。體溫超過38.5℃時，可給予布洛芬等退熱藥。有高熱驚厥及嚴重肌痛者，可適當給予鎮靜劑和止痛劑。

5.抗病毒治療可選用利巴韋林、更昔洛韋、干擾素等。

患病后應及時到醫院就診，由專科醫生判斷病情后規范用藥和治療。