因為腦炎的病變部位和輕重程度差別很大，所以臨床表現是多種多樣，而且是輕重不一的。早期的時候，可以有發熱、頭痛、上呼吸道感染癥狀、精神萎靡、惡心、嘔吐、腹痛、肌痛等。

1、神經系統的癥狀，比如顱內壓增高，主要表現為頭痛、嘔吐、血壓升高、心動過緩，小寶寶會有前囟門比較飽滿，嚴重的時候可以出現去腦強直狀態，甚至出現腦疝，危及到生命。

2、意識障礙，輕度的沒有意識障礙，重度的可以出現不同程度的意識障礙、精神癥狀和異常行為，少數的患兒精神癥狀非常突出。

3、驚厥，腦炎也常常會出現全身性或者是局灶性的抽搐，局灶性的癥狀體征如肢體癱瘓、失語、顱神經的障礙等。