顱內感染的后遺癥包括癲癇、認知功能損害、運動功能障礙、性格行為的改變。

1、癲癇：顱內感染很容易傷害到大腦的皮層從而導致癲癇的發作，一般情況下是癥狀性的癲癇，最常見的情況包括全面性的強直陣攣的發作和復雜的部分性癲癇發作；

2、認知功能損害：另外如果顱內感染波及到顳葉、海馬等掌區域時，就很容易出現大腦認知功能的損傷。大多表現為記憶力的下降以及會造成學習能力變差、另外還會有不同程度的智能的減退；

3、運動功能障礙：如果顱內感染損害到基底節區的運動核團，則會出現病變部位對側的不同程度的肢體癱瘓。如果在接受治療后恢復仍然不好，那么就會留下后遺癥；

4、性格行為的改變：另外顱內感染累及到額葉、顳葉，可能經常會出現精神癥狀，從而導致出現幻覺或者妄想。以及會有明顯的性格行為的改變，表現為經常在夜間哭鬧不睡覺，并且會出現易被激惹或者有攻擊傾向。