膽道閉鎖的典型病例嬰兒為足月產，大多數并無異常，糞便色澤正常，黃疸一般在生后2-3周逐漸顯露，有些病例的黃疸出現于生后最初幾天，當時誤診為生理性黃疸。

糞便變成棕黃、淡黃米色，以后成為無膽汁的陶土樣灰白色。但在病程較晚期時偶可略現淡黃色。尿色較深將尿布染成黃色。黃疸出現后，通常不消退且日益加深，皮膚變成金黃色甚至褐色，可因瘙癢而有抓痕，有時可出現脂瘤性纖維瘤，但不常見。

個別病例可發生杵狀指或伴有發紺。肝臟腫大，質地堅硬脾臟在早期很少捫及，如在最初幾周內捫及腫大的脾臟，可能是肝內原因隨著疾病的發展而產生門靜脈高壓癥。

在疾病初期嬰兒全身情況尚屬良好，但有不同程度的營養不良，身長和體重不足時常母親敘述嬰兒顯得興奮和不安。疾病后期可出現各種脂溶性維生素缺乏現象，維生素D缺乏可伴發佝僂病串珠和擴大的骨骺。

由于血液動力學狀況的改變，部分動靜脈短路和周圍血管阻力降低，在心前區和肺野可聽到高排心臟雜音。