膽總管的結石治療有兩類方法：一類方法是通過開腹的方式完成膽總管的切開，取出膽管下段的結石，隨著微創技術的改進，這部分手術多處改變成腹腔鏡下的膽總管切開取石。

因為有一半以上的膽管結石是從膽囊掉下來的，還可以利用結石掉下來的路徑，采取膽囊管的擴張，從膽囊管進入膽總管取出膽總管的結石。

還有一類方法，叫做ERCP，通過逆行的胰膽管造影，把膽總管下端的出口括約肌切開之后從膽管下端把結石排出。這個治療有很大的優點，它不是手術，相對恢復比較快，但也有缺點。

缺點在于對于膽管下端的括約肌會造成潛在的影響，如果結石比較大，切開比較大，括約肌功能會受影響，時間長了會導致胃腸液向膽道的反流，這是一個持久性的問題。

對于比較年輕的患者，選擇通過ERCP膽總管下端括約肌切開的方法要慎重考慮，但對于高齡的高危的患者還是比較好的。