目前，臨床上化膽囊結石最主要的藥物是熊去氧膽酸和鵝去氧膽酸，既可以單獨應用，也可以聯合應用。但是，這兩種藥物只對膽固醇結石和膽固醇結晶有效，而且要求膽囊功能良好。

對于混合性結石、膽色素結石以及黑色素結石，是無法溶石或者完全消失。熊去氧膽酸和鵝去氧膽酸均需要服用六個月以上，但是仍存在較高的復發率。

此外，臨床上還有很多治療膽囊結石的藥物，主要是中成藥制劑，比如消炎利膽片、舒膽片、膽寧片等。這些藥物并沒有化膽囊結石的效果，但是對于肝膽濕熱所造成的急、慢性膽囊炎，可以取得一定的作用。

而解痙止痛的藥物，比如山莨菪堿、間苯三酚等，可以緩解平滑肌的痙攣，有些小的結石坑下行進入膽總管，從而造成膽囊內的結石消失，但這并不是溶石的效果，而是排石所造成的。