肝內膽管結石一般稱為肝膽管結石，它的原因特別的多，主要由于膽道感染，膽汁淤積，經常飲食一些高膽固醇的食物導致膽固醇結晶，有時膽道解剖變異，營養不良都會引起肝內膽管結石。

結石主要是棕色的膽色素結石，一般在肝段，肝葉分布，肝內膽管結石形成主要與飲食有關，尤其是飲食一些高脂類，高油膩的食物，經常飲食一些動物內臟，它們含有豐富的膽固醇，膽汁排出不暢，容易形成結石。

有時肝內膽管炎也會引起膽管內反復感染，加重炎癥從而引起狹窄，有時也會促使肝內膽管結石的形成。