扁桃體化膿反復發燒40℃以上，需要及時到醫院就診，在醫生指導下進行退燒治療，同時針對原發病進行規范抗感染的治療。

1.退燒治療：患者體溫達到40℃以上，已經屬于高燒的范圍，要注意及時進行降溫治療，可給予緊急退燒藥物如布洛芬、對乙酰氨基酚等，可起到解熱鎮痛的作用。

2.抗感染治療：可采用感染藥物治療，如青霉素類藥物阿莫西林、美洛西林等，但是使用藥物前需要進行皮試；同時也可采用含漱液，如復方硼砂溶液、復方氯己定含漱液，也可起到消毒和抗菌的作用；對疼痛較劇烈的患者，還可采用碘含片、西瓜霜含片進行消炎緩解癥狀。

由于每個患者病情不同，所以具體藥物的使用，需要在專業醫生的指導下進行。