過敏性鼻炎轉成鼻竇炎后，應兩者同時治療，包括抗過敏治療和鼻竇炎的治療，如一般治療、藥物治療、手術治療。

過敏性鼻炎的治療主要是抗過敏治療，出現癥狀后服用抗組胺藥（如氯雷他定）、抗白三烯藥（如孟魯司特）。

鼻竇炎的一般治療主要是生活中的一些注意事項，如注意休息，保證水的充足攝入，避免吸入刺激性氣味、粉塵等。

常用的治療藥物有減充血劑類藥物（羥甲唑啉）、鼻用激素（布地奈德鼻噴霧劑、糠酸米松鼻噴霧劑）、抗生素（青霉素、三代頭孢）、粘液促排劑（桉檸蒎）等，用藥需在醫生指導下進行。

鼻竇炎藥物治療效果欠佳時需手術治療，開放竇口，通暢引流。