若扁桃體結石患者沒有出現不適的癥狀，一般不需要給予特殊的治療，若出現口臭或者吞咽困難、耳痛等現象，則需要采取鉗子夾取以及刮除或者口腔清洗器水流沖洗去除的方式治療，若合并有扁桃體炎，需要在醫生的指導下使用抗生素類藥物治療。若扁桃體結石的體積比較大，可以采取扁桃體切除術的方式進行治療，手術前需要先將結石取出再進行手術，以免在手術的過程中結石意外掉落氣管或者食管。