三個月寶寶大便有粘液的原因有：1、胃腸道受到細菌感染，要及時到醫院就診，進行大便化驗，根據檢驗出的白細胞數值進行針對性治療。2、飲食不當、乳糖不耐受、輕微過敏導致寶寶消化不良，出現消化道粘液分泌過多的現象。

寶寶大便有粘液是屬于異常的表現，往往是因為患了一些疾病而引起的。寶寶出現大便有粘液，都是由于腸道受到了細菌的感染而引起的，這種情況下，寶寶的大便常常會伴有一些膿性的分泌物。寶寶出現大便有粘液的情況，應該盡早的到醫院進行大便常規的檢查，然后再根據病毒感染的因素來對癥的進行治療，并且哺乳的媽媽要注意飲食上需要保持清淡的飲食。