青蒿素可以用來治療紅斑狼瘡，不過目前只是臨床試用的階段，并不能達到根治性的目的，系統性紅斑狼瘡是一種自身免疫性疾病，除了青蒿素以外，還可以配合激素、中藥、免疫抑制劑等進行治療，針對自身情況采取相應的治療措施。

青蒿素是具有一定的輔助治療紅斑狼瘡作用的，但不能僅靠青蒿素這一種藥物來治病的。青蒿素具有一定的調節免疫的功能，而系統性紅斑狼瘡是一種可累及多系統，多臟器，并且體內存在有大量自身抗體出現的一種慢性自身免疫性疾病，因此青蒿素是具有一定輔助治療功效的。而且青蒿素還具有抗瘧疾的作用，也能夠抗感染。紅斑狼瘡的治療，目前主要是應用糖皮質激素聯合免疫抑制劑來共同治療。常用的激素有潑尼松，甲潑尼龍等常用的免疫抑制劑，包括環磷酰胺、硫唑嘌呤、羥氯喹、雷公藤、他克莫司、霉酚酸酯等藥物。如果合并有嚴重感染，或者有重癥血小板減少的話，可以靜脈注射免疫球蛋白，也可以應用生物制劑，血漿置換等來治療。