頭部核磁共振能檢查出人的大腦部位的健康情況，特別適用于心腦血管疾病的檢查，比如有腦梗死病灶、腦梗塞、腦部腫瘤、腦炎、腦出血、蛛網膜下腔出血等都可經過核磁共振檢查出來。

頭部磁共振目前發展了有很多技術。比如彌散成像，張力成像，灌注成像，波譜分析，磁敏感成像。一般來講磁共振可以早期的發現腦梗死病灶，這是普通CT所不能達到的。磁共振還可以檢查腫瘤，腦白質病變，腦出血，腦炎，多發性硬化，發現微出血病灶，以及對顱內動靜脈血管的檢查等等。