孕婦進行胎兒心臟彩超檢查的最佳時間，應該是在女性懷孕20-24周的時候進行，因為此時胎兒的心臟結構的發育已經較為完善，通過檢查能夠清楚的觀察到胎兒心臟部位，若是過早進行檢查，可以無法明確是否有畸形存在。

孕20-24周檢查比較好，但是對于腹壁比較厚、胎兒位置不佳者，可以在二十周左右檢查，這樣圖像會比較清晰。在二十周之前檢查，由于胎兒較小，心臟結構發育還沒有完善，所以對某些病變顯示不清。在二十四周以后檢查，由于胎兒發育比較大，羊水量減少，胎兒活動受限制或者由于骨骼因素等，也會對檢查造成一定影響。